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理化学研究所ライフサイエンス技術基盤研究センター RIKEN Center for Life Science Technologies

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イベント

 

[9月10日] 理研シンポジウム:転写産物解析を使って疾患を研究する

[日時] 

2015年9月10日(木)

[時間] 

13:00-17:00(懇親会 17:15-19:30)

[主催]  

理化学研究所 ライフサイエンス技術基盤研究センター 機能性ゲノム解析部門

[概要] 

 本シンポジウムでは、転写産物を網羅的に解析するCAGE法(Cap Analysis of Gene Expression)を使った疾患研究の最前線についてお伝えします。
 CAGE法は、理化学研究所が開発した技術です。転写産物の発現量を、プロモーターごとに、1塩基の解像度で、 ゲノムワイドに定量解析できる特徴があります。その検出感度の高さにより、従来の発現解析におけるノイズなどの問題が解決したのをはじめ、より正確でゲノ ムワイドな発現プロファイルの取得はもちろん、複雑な転写制御ネットワークの解析が可能になりました。これらの手法は生命科学の基礎研究にとどまらず、新しいバイオマーカーの同定、薬物の作用機序の解明、創薬ターゲット探索、ドラッグ・リポジショニングなど医療診断技術や薬理学、広範な医薬探索などへの応用が期待されています。
 本シンポジウムの第1部では、CAGE法を使った疾患研究の現状について報告します。ゲノムワイド関連解析(Genome Wide Association Study, GWAS)で同定された表現型関連SNPマーカーとエンハンサーの関連、治療抵抗性小児ぜんそくと遺伝子発現の関係、再生医療の基礎となる細胞のマーカー、歯周病のバイオマーカー、薬物応答プロファイリングやシグナル伝達ネットワークについて最近の話題をご紹介します。
 第2部では、これからCAGE法を利用したい研究者のために、CAGEデータの取得方法、利用できるデータベース、新しい解析ツールをご紹介します。
 疾患の原因解明、治療方法の研究などに日々取り組んでいらっしゃる医学・薬学の研究者、製薬会社の研究者等多くの方々のご来場をお待ちしています。

[プログラム (今後変更することもありますのでご了承ください)] 

◆ イントロダクション
13:00 - 13:20 From Technology to Biology
Piero Carninci (Riken Center for Life Science Technologies Division of Genomic Technologies, Director) 
http://fantom.gsc.riken.jp/ 
 
◆ 第1部 網羅的転写開始点解析(CAGE法)による疾患研究
13:20 - 13:40 Transcribed enhancers relevant for human disease
Erik Arner (Riken, Center for Life Science Technologies, Center Director's Strategic Program) 
[関連論文:A promoter-level mammalian expression atlas]
13:40 - 14:00 Transcriptome analysis of controlled and therapy-resistant childhood asthma reveals distinct gene expression profiles
Andrew T. Kwon (Riken, Center for Life Science Technologies, Center Director's Strategic Program)
[関連論文:Transcriptome analysis of controlled and therapy-resistant childhood asthma reveals distinct gene expression profiles]
14:00 - 14:20 FANTOM5データベースを活用した新規角膜内皮細胞特異的マーカーの同定 / Discovery of molecular markers to discriminate corneal endothelial cells in the human body
吉原 正仁 (大阪大学大学院医学系研究科脳神経感覚器外科学(眼科学)/ 理化学研究所ライフサイエンス技術基盤研究センター機能性ゲノム解析部門)
[関連論文:Discovery of Molecular Markers to Discriminate Corneal Endothelial Cells in the Human Body]
休憩 15分
14:35 - 14:55 CAGEを使ってシグナル伝達-転写ネットワークを解剖する /  Dissecting signal transduction-transcription network using CAGE technology
岡田眞里子 (理化学研究所 統合生命医科学研究センター 統合細胞システム研究チーム) 
[関連論文:Promoter-level expression clustering identifies time development of transcriptional regulatory cascades initiated by ErbB receptors in breast cancer cells]
14:55 - 15:15 CAGE法を用いた薬物応答プロファイリングの試み /  Drug response profiling using CAGE technologies
鈴木治和 (理化学研究所ライフサイエンス技術基盤研究センター機能性ゲノム解析部門)
[関連論文:Capturing Drug Responses by Quantitative Promoter Activity Profiling
15:15 - 15:35 CAGE法による歯周炎関連線維芽細胞の新たなバイオマーカーの同定 /  Discovery of novel biomarkers of periodontitis-associated fibroblasts by CAGE sequencing
堀江真史 (東京大学 保健・健康推進本部 保健センター / 理化学研究所ライフサイエンス技術基盤研究センター機能性ゲノム解析部門)
[関連論文:Paradigm shift in pharmacological treatment of periodontitis

休憩 10分
 
◆ 第2部 CAGE法を研究に使うには
15:45 - 16:05 CAGE法を用いたトランスクリプトーム解析ワークフロー / Transcriptome Analysis Workflow using CAGE
眞鍋理一郎 (理化学研究所ライフサイエンス技術基盤研究センター機能性ゲノム解析部門)
[関連論文:RECLU: a pipeline to discover reproducible transcriptional start sites and their alternative regulation using capped analysis of gene expression (CAGE)]
16:05 - 16:20 網羅的転写開始点データベース(FANTOM5ウェブリソース)の利用 /  FANTOM5 web resource: comprehensive TSS database
粕川雄也 (理化学研究所ライフサイエンス技術基盤研究センター機能性ゲノム解析部門)
http://fantom.gsc.riken.jp/data/ 
16:20 - 16:45 Visualization and analysis of CAGE data using ZENBU genome browser system
Jessica Michelle Severin (Riken, Center for Life Science Technologies, Division of Genomic Technologies)
[関連論文:Interactive visualization and analysis of large-scale sequencing datasets using ZENBU
[Availability:http://sourceforge.net/projects/zenbu/
 
◆ クロージング
16:45 - 16:55 近藤直人(理化学研究所ライフサイエンス技術基盤研究センター機能性ゲノム解析部門)
 
◆懇親会 (17:15- )

 

[言語] 

言語は主として日本語です。一部英語のプレゼンテーションがあります。

[参加申し込み] 

シンポジウムの参加費は無料です。
シンポジウムと懇親会の参加申し込みは下記フォームよりお願いいたします。

懇親会は自費となりますのでご了承ください。2,000円くらいを想定しています。

お申し込みフォーム

  

[問い合わせ先] 

国立研究開発法人 理化学研究所
ライフサイエンス技術基盤研究センター 機能性ゲノム解析部門
 
シンポジウム担当

〒230-0045 神奈川県横浜市鶴見区末広町1-7-22
Tel:045-503-9237  
E-mail:  LSA-support@riken.jp    

>> CAGE法についてはこちらをご覧ください。

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